生殖系统对环境有害因素比较敏感，容易导致生殖功能障碍或性功能下降，这些疾病也与自由基、氧化应激、炎症等密切相关。富氢水的生物活性对保护生殖系统同样具有重要意义。
1.富氢水保护雄性生殖系统
本书主编带领的团队率先在国内外研究发现，富氢水可以减轻细胞毒性自由基对睾丸的损伤，促进受损组织修复；降低辐射诱导的小鼠精子变异和细胞凋亡，增加精子数量，增加精子活力，改善精子质量；提高血清睾酮水平，睾丸尺寸和重量也比未用富氢水的实验组增加。哈尔滨医科大学第二附属医院的学者开展了类似的研究，发现富氢水对雄性生殖系统具有保护作用，有助于减轻环境不利因素对睾丸的危害。
2.富氢水对糖尿病雄性性功能障碍的作用
勃起困难是男性性功能障碍的一种，让部分男士倍感苦恼。男性糖尿病患者约有50%的人会出现不同程度的勃起困难，其原因可能是组织内活性氧大量增加。苏州大学第三附属医院泌尿科研究证明，给糖尿病动物饮用富氢水，可以通过减轻氧化损伤、减少细胞凋亡和提高内皮型一氧化氮合酶等途径，调节血管功能，有效治疗勃起功能障碍。
3.富氢水抗卵巢早衰的作用
卵巢早衰是指卵巢功能衰竭导致40岁之前即闭经，提早出现绝经后更年期症状的现象。其发生机制尚不十分清楚，一般认为与感染、免疫性疾病、大量抽烟喝酒、精神压力过大、过度减肥、环境有害因素等有关。
最近，首都医科大学附属北京妇产科医院生殖医学中心科研人员发现，富氢水对实验动物卵巢早衰具有显著治疗作用，显示富氢水在保护卵巢功能和提高生育能力方面，具有应用前景和发展潜能。
4.富氢水对子官内膜异位症的治疗作用
子宫内膜异位症多发于育龄期妇女，主要病变是异位生长的内膜周期性出血，周围组织纤维化形成结节。症状是痛经慢性下腹痛、不孕、月经不调，患者倍受生理和心理折磨。基本治疗方法是阻断雌激素的作用，不良反应多，且不是非常有效。
第二军医大学附属长海医院妇产科刘玉环教授课题组最近研究发现富氢水对治疗子宫内膜异位症有效果。他们给子宫内膜异位症大鼠每天饮用1次富氢水体连续饮用4周。第8周时可见子宫内膜异位组织体积减小，细胞分裂受到抑制，动物发情周期没有受到影响。
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