研究发现给予外源性氢气,不论直接饮用富氢水,还是吸入氢气,均能改善肠道菌群结构。虽然机制仍不明确,但人们已经发现了其中的规律和证据。富氢水至少可通过以下几种可能的机制,达到改善肠道菌群的效应:①富氢水对内分泌代谢网络的调节作用，进而改善肠道菌群;②富氢水对免疫的调节作用;③富氢水对神经网络的调节，可能改善肠道运动功能和腺体分泌而影响菌群;④富氢水进入肠道直接作用于细菌。不论何种原因，富氢水在这个过程中都扮演了类似益生元的角色,其属于广义益生元的范畴。而最终导致的结果是有益菌的增多,肠蠕动温和增加,可使便秘症状持续改善。当然，更严谨的证据应该设立严格对照,明确研究观察的主要重点指标,以得出明确的结论。
另一种可行的尝试是直接给予产氢气菌株,使其充当益生菌的角色。当然在一些研究中已经发现,有些菌株或菌群改变后,伴随着细菌代谢产物的改变,包括短链脂肪酸增加，氢气产生增加等，进而对宿主多方面生理指标表现出改善作用。虽然尚不能排他性地证明，这种改善作用是依赖于富氢水(短链脂肪酸已经被证明是对宿主有益的),但这类伴随多种代谢产物改变的菌株或菌群，可以被用作新的益生菌。并且结合富氢水对机体生理功能的积极作用，该类益生菌的产氢效应，至少应该是“锦上添花”的事情。借鉴对其他益生菌的研究策略，选用产氢菌株作为对象,选产氢能力缺失的突变株作为对照,可在未来得到更加明确的证据。
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